シングルウインドウモードは効いてるけどなぁ
ちなみにWaterfox側のタブグループの設定はどうなってる？
多分だけど効いてる場合は新しいウインドウではなく新しいタブで開くにチェックが付いてて外せないようになってる

そういやタブの開き方をWaterfox側に任せるかTabMixPlu側に任せるかみたいな設定があった気がするけど
見当たらないな
ちなみに最近までえら古のWaterfoxCrassic使ってたし、その前はFirefox使ってたのでそこで見た気がするけど、ただの記憶違いかも