>>39 に同意 Documents ... は使わない方針にした方がよい
要はexe実行から実際処理に入るのに数秒かかるってことじゃない？
なら、windows defender(かお使いのウイルスソフト)の除外設定にD:\Documents ...\ffmpeg.exeを入れればスキャンしなくなるのでは？
%DRIVE%:\Documents ... の下に作成されるウイルスが何種類かあるみたいで、同フォルダーがあると問答無用でスキャンはいるんじゃないの？
ただ、このフォルダー以下を除外設定すると本物のウイルス感染した時に無防備になるからおすすめできない。
推測違ってたらすみません。