> D:\tools\ffmpeg -i input.mp4 -f null nul
speed=13.3x, 14.3x, 13.9x
> "D:\Documents and Settings\ffmpeg\bin\ffmpeg.exe" -i input.mp4 -f null nul
speed=14.1x, 14.1x, 13.7x

交互に3回ずつやったけど特に差はないように見える
そもそもOSとかの情報も出さずに試していただけないでしょうか？もクソもないだろう