https://www.ipa.go.jp/security/jisec/apdx/documents/AGD.pdf
>Q: パーティションとファイルコンテナと、どちらの TrueCrypt ボリュームがいいでしょうか?
>A: ファイルコンテナは簡単に移動、リネームができ通常のファイルと同じに扱うことができます。
>(しかし、これはコンテナは他のファイルと同様に簡単に破損したり削除したりができるというこ
>とでもあります) パーティション/デバイスは性能に関しては優れています。コンテナが非常に断
>片化していると、コンテナへの読み書きがあきらかに遅くなることに注意してください。また、
>コンテナが非常に断片化していると、コンテナの中の隠しボリュームをマウントするのがあきら
>かに遅くなります。この理由としては、隠しボリュームのヘッダーが外側のコンテナの終端部分
>に記録され、コンテナが断片化していると終端までいくのに時間がかかるためです。これを解決
>するにはアンマウントした状態のときに、デフラグを実行してください。

VeraCryptではコンテナをアンマウントするとただのファイルになるので右クリックからデフラグはできません。
TRUECRYPTの頃はできたのかもしれませんね。