コンテナファイルのデフラグとコンテナ内のデフラグは全くの別。
気にするなら、HDDをデフラグしてから新規で同サイズのコンテナを作り、内部のファイルをすべてコピーすればきれいに並ぶと思う。
あんまりやる価値ないと思うけど。