Portable版の手動アップデートは
① exeファイル（インストーラー）を「解凍」（coreフォルダとsetup.exeが出てくる）
② インストール済みPortable版の[App]→[Waterfox]内にあるファイル・フォルダを「全削除」
③ ①で解凍したcoreフォルダ内の全ファイル・フォルダを空のWaterfoxフォルダ内に移動（又はコピぺ）
の以上です。