今回の件について作者さんから返事をもらった

要約すると、不具合はニコニコ側からHLSの仕様に反したデータが送られてくるため
改修は容易だが他のサイトに影響が出る懸念がありもう少し待って欲しいとのこと

また、来年からchromeでキャプチャモードが使えなくなる可能性大なので
基本（大掛かりな）不具合対策は行わないそうです