win10 pro 64bit
4.1.2369.21 (Stable channel) (64-bit)
検証してみた

1.[設定]→[ブックマーク]
　「ブックマークバーに表示するフォルダー」のプルダウンリストからフォルダを選択可能

2.タブで開いたブックマーク上のフォルダ右クリから設定可能

3.ブックマークパネル上のフォルダ右クリから設定可能
　ただし、選択したいフォルダにフォーカスが当たっていないと正しく反映できないので注意
　※フォルダをクリックしてもフォーカスが移らないためキーボードで目的のフォルダにフォーカスを移す必要がある(クリックしてもフォルダを開閉するだけ)
　※フォルダを開いた時に適当にブックマーククリックすればフォーカスが移るので矢印キーでフォーカスをフォルダに移すと良いかも