PCSX2自体やプラグインにウイルスが仕込まれた場合の話ではなく
PCSX2上で稼働できる外部に及ぼすようなマルウェアについてなら

市販のゲームディスクや自分でリッピングしたISOに
そのようなマルウェアが入っている可能性はない