ファイル名順でソートされている書庫ファイルに後からファイルを追加すると、
そのファイルは最後に入ってしまうのですが、綺麗に入れたいと思ったら、
元の書庫ファイルをいったん展開して、手動で追加して圧縮し直すしかないですか?