フラッシュメモリなんかはデータが化けるとか話聞くけどどうなんだろうね
そもそもファイルの正常性をどうやって確認するのかって問題もある
そういう点では7zなどアーカイバで固めちゃう(展開時のハッシュチェックでわかる)のもありかな
ただそんな心配よりも人為的ミスでバージョン戻しちゃったり消しちゃったりの方が多そうな気がする