ゲームパッドにはXPとかの時代からの名残で、「優先デバイス」という設定がWindows10でもこっそり残ってる
プログラム側でそれを利用することができるので、そのへんが関係してるかもね
コントロールパネル＞デバイスとプリンタで、適当なゲームコントローラを右クリックして「ゲームコントローラの設定」
そこの「詳細設定」ボタンで優先デバイスというのを選ぶことができる。
これで複数のゲームコントローラを接続した場合のいわゆる1Pコン的な物を指定することができる。