うまく実情を書けてなかったので、もう少し詳細に書き込みます。

メニューではゲームパッドは毎回問題なく動きます。ゲームを実行してコンテンツを開始した途端、ゲームパッドが使えなくなります。ただ、10回に一度くらい使えることがあります。

ゲームパッドは複数所有しているので、入れ替えてみましたが同じでした。