64bit ZIP 版に関し、ちょっと追加で検証したら改善したぽいです。

既存の問題がある環境 = A, 新規に真っさらな環境 = B とした場合、
B の config.js にある log_dir を A の profile 以下のパスに差し替えると起動しない状態が再現する。
img_dir, plugin_dir, backup_dir, user_dir は差し替えても正常動作はさておき、起動は OK。
なので A の log_dir 以下をぽちぽちと弄くり回していたところ、bbsmenu.db を削除したら
今のところ失敗無く起動してくれるようになりましたー!