コントローラー部がFirefox内部のCSSで

.controlBar {
（略）
background-color: rgba(26,26,26,.8);
color: #fff;
}

と指定されてるのを配色設定で上書きするよう指示してるんだから挙動としては全く正常
UserContent.cssを有効にして明示的に指定してやれば、コントローラー部の背景色についてはこれが最優先されるはず