Program Files(x86)内のexeファイルがpcsx2.exeになっていたのをpcsx2 1.4.0.exeに変えました
ドキュメント内にもPCSX2フォルダがあるので何回もPCSX2 1.4.0フォルダに変えて指名しても別にドキュメント内にPCSX2フォルダができてしまいます
それで仕方ないのでドキュメント内のPCSX2 1.4.0フォルダに名前を変えたのを元のPCSX2フォルダに戻しました

この状態でpcsx2 1.6.0-setup.exeを起動してProgram Files(x86)内のexeファイルをpcsx2 1.6.0.exeに変えたとしてもドキュメント内はPCSX2フォルダを兼用して使うと思うのですがそれで問題ないでしょうか？

Program Files(x86)内のexeファイルが1.4.0と1.6.0ができるだけでドキュメントは共通ならセーブデータ等も共通になるのでいいのですが、

無理なら開発版の1.7.0または1.5.0を使ってみようかと思いますがこれは1.6.0で動作したものが入っているんでしょうか？