>>708
もしかしてファイルサイズが同じでミラー扱いになってるんじゃないかな？
拡張設定のGeneralSettings.mirrordetectiondecisionをデフォルトのAUTOからFILENAMEに変えると、ファイルサイズが同じでもファイル名が違うとミラー扱いにならなくなるよ
それ以外だと、例えばリンクフィルタに何か追加しちゃってない？