.../cfg 以下全部あるいは downloadList[\d+].zip だけを退避しといてプログラムフォルダを手動で削除
同じパスに再インストール後 .../cfg 以下全部あるいは downloadList[\d+].zip だけを上書きして起動
Youtubeのデコードなど、必要になったらffmpegをインストールしますか？と聞かれるのでそのとおりに
JD2再起動すれば勝手に.part の続きをDLしてくれるはず
.mp4ファイルも壊れてるようならリンクの右クリでリセット

そこまでしなくても JDownloader 2.0\tools\Windows\ffmpeg\x64 を修復できれば良いんだろう
そのフォルダを削除するだけで自動修復する可能性もあるかも
ま、もうアンスコできるんだろうから、作り直しましょう