ffmpegってちゃんと/1001の形式で指定しないで小数点で23.976って入れると/1000に自動的になる仕様だったと思うから入力ファイルの情報がそうなってるのでは
自分はエンコ時に自分が小数でコマンド入れちゃったせいだったけど、そうじゃないなら上流の問題じゃね