for /f "usebackq delims=" %i in (`dir /s /b ^| find ".aac"`) do ffmpeg -i "%i" -acodec copy "%~dnpi.m4a
フォルダ、サブフォルダ内のaacを全てm4aに変更するのは↑で成功しましたが

for /f "usebackq delims=" %i in (`dir /s /b ^| find ".mp4"`) do ffmpeg -i "%i" -acodec copy "%~dnpi.m4a
↑でmp4ファイルをm4aに変えようとすると映像まで残ってしまいます
一度aacにしてからやればできるのですが直接やる方法はありますか?