>>5
After Effectの解像度別の挙動に整合性が見られない（大きさ順に採番したとき1,4と2.3で分かれた）からそのmovコンテナに入ってる情報は信用できなそう

推測だけど動画に色の情報、特にcolor rangeが入ってない（ffmpegで入力の情報 → color rangeがunknown）か間違ってると思う
で、ffmpegはデコードは問題ない（color rangeに依存しないから）し、フィルタなんかの効果もこれに準ずるけど書き込み時は解像度で判別されて大きい画像数だとfull range / pcになる
ここが大事で、limited rangeの値そのままfull rangeの値とされると各チャンネルの明度は落ちる

例えば04はlimited / tvとしてデコード（ただし値は超過）してffmpegのフィルタではlimitedな値を出し、出力はfull range / pcとして出力
素材の値はfullだけどフィルタの分はlimitedなのをfull / pcで出力するから色に違いが出る

02, 03はAfter Effectの時点でlimited / tvの値
01, 04はAfter Effectの時点でfull / pcの値
01, 02は、解像度の小ささによってffmpegは既定では自動でlimited / tvで出力するから再生時は超過値は全部切り捨てられて問題なし
03, 04は、解像度の大きさによってffmpegは既定では自動でfull / pcで出力するから、再生時は、素材にfullの値が含まれない03はどちらもlimitedの値、素材にfullの値が含まれる04は素材の分だけfullの明るい値に