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1.67.7.11 で数年ぶりに使ってみたけど使えたよ。
別のソフトで DL したコメントと動画を [out]comment と [out]video に入れておく。
動画とコメントに ID が入っていること。
保存設定で「動画保存」「コメントをダウンロード」のチェックを外しておく。
動画 ID を入れて変換でできる。