タブ等が消えてしまった場合は
みだりにJaneStyle再起動を繰り返さない（無駄に3回やるとアウト）
下のヘルプの、
http://janesoft.net/janestyle/help/first/ref-file.html
「session.dat.bak」の項目を見てくだしあ

URL打ち込みでスレッドが開けないのはよくはわかりません
ファイル(F)＞オンライン(L)にチェックが入ってますか