乗り物関連の板が軒並み301だった理由がわかったわ。

乗り物関連の板（鉄道など）は、カテゴリが「趣味」から「乗り物」に変わっていて、
ログは「趣味」のまま、「乗り物」の方はJane Styleの内部的にはリンク扱いになっているようだ。

（1）　BBSメニュー https://menu.5ch.net/bbsmenu.html を参考にして、
Jane Styleのフォルダを探り、
「趣味」フォルダの中にある乗り物関連のフォルダを「乗り物」フォルダに移動

（2）　jane2ch.brdの以下の部分を修正する（e.g. 鉄道総合板の場合）
趣味　1
　mevius.2ch.net　train　鉄道総合
乗り物　1
　mevius.2ch.net　train　鉄道総合　link
　　↓
趣味　1
　[削除]
乗り物　1
　mevius.5ch.net　train　鉄道総合　[削除]

（3）　bbsmenu.datとbbsmenu.idxを削除

（4）　Jane Styleを起動し、bbsmenu取得先が https://menu.5ch.net/bbsmenu.html であることを確認

（5）　板一覧を更新のうえ、すべての板のインデックスを再構築

この手順でおそらく直るはず。
実行前にバックアップは取っておけよ。