>>11
Includeするahk内で更にInclude出来るはずだぞ(その内容は「#Include 〜.ahk」だけでも良い)
だからメインahk(AutoHotkey.ahk)内でのInclude用ahkの名前は固定しといて
メインahkでそのahkファイルを書き換えすれば手直しは要らなくなると思う

例として、メインahkにIncludeするファイル名を「Include_ahk.ahk」とし

Include_ahk.ahk内は
-----------------------------------
#Include InputA.ahk
#Include InputB.ahk
-----------------------------------

↑の2行はメインahkのautoexecute内で検索→名前取得→書き込み処理を実行して
この処理の後に「#Include Include_ahk.ahk」を記述する

拙い説明 & 出来なかったらスマヌ
もしアレだったらMGLのスクリプトが参考になると思う