「chromeの閲覧履歴」と「googleアカウントのwebアクティビティ」は管理上別モノであり、前者を消去しても後者には記録が残ったままになる

下記の可能性が考えられるので、プロファイルフォルダ直下のhistoryファイルのファイルサイズを監視してみるといいかも
・何らかのクリーナーアプリがタスクスケジューラでサイレント実行され(あるいは ID:lRCqdYSs0自身の手でマニュアル実行され)、historyファイルが消去されている
・何らかの拡張機能によってchrome起動時(拡張機能のバックグラウンドページ起動時)に全履歴が消去されている