>>8
64bit版のJVMに画面表示やファイルIOのclassファイルをデータとして食わせてるだけだからネイティブっちゃネイティブ
.net frameworkの上にWinExeが乗っかってるのと大して変わらん

違いがあるとすればJavaが好きか嫌いかの個人的な趣味だけ