USBメモリによるブータブルメディアを使用して、SSD全体をセクタ単位でバックアップしています。
このバックアップファイルを同じSSDへ復元するとWindows Boot Managerが2個も存在しています。

どちらのWindows Boot Managerでも起動できます。
復元前は1個であることを確認しています。
復元時にセクタ単位・非セクタ単位どちらを選択しても2個になります。

アクロニス殿は、
Windows Boot Managerが2個存在する現象は、確認していないとのことです。
また、特定の環境に依存する事象でしたら、修正は難しいとのことです。

同じ不具合が発生している方の情報提供をお願いいたします。
私の環境は、下記のとおりです。
マザーボード: P8Z68-V (UEFI:3603)　CPU: i7-2600K
TI2020 build 22510, 25700