重いタスクを流すとき、そのタスクにCPUアフィニティをかけて特定のコアを使わせず空けておくことはあるけどね
start /b /low /affinity 0xfffc "%~n0" "C:\Program Files (x86)\ShogiGUI\ShogiGUI.exe" %*

CPUのスレッド数とOSのスレッド数の上限は関係ない
ピンとこない人はリソースモニタでCPUタブを見るといい