>>729
> Thunderbird上でゴミ箱を空にする

右クリックして「ゴミ箱を空にする」を実行したのね

ゴミ箱の中にあるメールを個別に選択して
Shift + Del
キーで完全削除した場合はどう？
サーバー上のゴミ箱の中のメールも勝手に同期して消えてくれる？