上記から0.5秒設定のタイマ(8253A)が1秒のリアルタイムクロック(カレンダ時計)に対しての回数が
20(0x0015)で正常値でなのにたいし、50(0x0032)で2.5倍となっております。

undocのこのページ
> o 各カウンタへの入力クロックは、システムクロック周波数に依存する。
> 8253Aでは、カウンタ#0〜#2にそれぞれ独立のクロックを入力することが
> できるが、PC-9800では全て同じ周波数が入力されている。
> ----------------+------------------------------
> システムクロック|カウンタの入力クロック周波数
> ----------------+------------------------------
> 5M,10MHz系(*1) |1.9968MHz
> 8MHz系 (*2) |2.4576MHz
> ----------------+------------------------------
> *1: 0000:0501h bit 7=0のとき
> *2: 0000:0501h bit 7=1のとき

これは間違っています。正しくは
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システムクロック|カウンタの入力クロック周波数
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5M,10MHz系(*1) |1.9968MHz
8MHz系 (*2) |2.4576MHz
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*1: 0000:0501h bit 7=0のとき
*2: 0000:0501h bit 7=1のとき

undocのとおりに実装するとハマるのでご注意ください。
それでも2倍の開きがあるのでまだ問題があります、SCLK1(Cバス)のクロックにも注意が
必要です5MHz系でもPC-9801初代･E･F･Mとそれ以外ではSCLKのクロックが異なります。
SL9821はBASEFREQが24576(kHz)なので素直にそれをマイマへ入力すれば良いのに、
誤った係数変換を行ってしまい、恐らくタイマに60494(khz)が入ってしまっていると思われます。
それでもWindows NT 3.xと4.0以外のWindowsは動いてしまうので気づきにくいところではあります。