その後、またいろいろ問題が起きたのですが、根本的な原因がわかったので
書いておきます
retroarchが使用するフォルダは基本rootでないと書き込みできないusrなんですが
一般ユーザーでソフト起動するとソフト自身も書き込みできません
なので、retroarchが使用するフォルダは全部パーミッションをユーザーも読み書き可に
変更しておく必要がありました
Linuxユーザーの方は要注意です…