確認のためにもう一度AEROをオンにしてePSXeを起動したら
ステートロードしたりスクショを撮影するなどのエミュ側の操作を行うと自動で一時的にAEROがオフになるようになった
ePSXeを終了するとまた自動でAEROがオンになる
AEROのオンオフを自動でやってくれるから楽だけど一体どうなってんだこりゃ