ファイル＞ライブラリ＞重複する項目を表示
重複する曲のリストの中から消したい項目を
手作業でctrl+左クリックで複数選択してライブラリから削除でファイルは残す
6000曲すべて重複してるわけじゃないんだからやれば終わるよ