ツールオプションが意図したとおりに働くかどうかの話ではないが

各ツールごとのツールオプション項目を使いやすい状態に設定（←なるべくは全ツール）してから
［編集］メニュー >> ［環境設定］ >> ［ツールオプション］のページで
・［終了時にツールオプションを保存する］の項目のチェックをはずす
・［今すぐツールオプションを保存］のボタンをクリックする
で、カスタマイズしたツールオプションの状態が「Gimp再起動後の既定値」になるのでおすすめ