設定値を初期化するには

プログラムフォルダにある　unins000.exe を実行してレジストリ削除
https://www.gimp-forum.net/Thread-Unable-to-uninstall-completely
に書いてある完全にアンインストールする方法

C:\Program Files\GIMP 2\
C:\Users\あなた\AppData\Roaming\GIMPフォルダ
C:\Documents and Settings\あなた\.gimp-2.8\
あたりに残ったかもしれないファイルを削除な感じ