ポケダンのDLCがCIAだとちっとも入らなかったんで手動で配置できないか試行錯誤してみたらできたから参考までに投下しとくわ
CIA化するときに.appが複数ある or .tmdと別フォルダに.appがあるとダンプしたCIAがCitraで読めなくなってそうな印象

1．GodMode9のBuild CIA(standard)でDLCを一旦CIA化 (これをCitraに入れようとしても「暗号化されてる」とか言われる)
2．↑のCIAをGodMode9でマウントして、拡張子.appのファイル全部とtmd.binをSDカード(0: SDCARD)へコピー
---以降はPC操作
3．元々のフォルダ構成を参考にコピーしたファイルをリネーム＆再配置(再配置先はCitraでゲームタイトル右クリック→Open DLC Data Locationで表示されるフォルダ内)
　ポケダンのDLCだと、
　　・tmd.bin → 00000000.tmd にリネームして直下に配置
　　・.appは003E.0000003E.app → 0000003E.app みたいにリネームして00000000フォルダの中に配置

手順3．はソフトによって構造が違うだろうからアドリブ力要るかも