>>186
うーん、rc2は試してないけど、1.10の場合、うちでは以下の手順で問題は起きなかったんだよね。

　１．aviut110.zipを展開してAviUtl 1.10の初期状態のフォルダを作成。
　２．nekopanda氏のL-SMASH-Works-r935-ffmpeg4.0.3-fix2を追加。
　３．AviUtl 1.10を起動。入力プラグイン優先度は以下。
　　　　AVI/AVI2
　　　　(Wave,BMP,JPG/PNG)
　　　　AVI(VFW)
　　　　L-SMASH Works
　　　　MPEG-2 VIDEO Plug-In
　４．YUY2.avsを読み込み(VFW読みになる)、「編集プロジェクトの保存」でproj110.aupとして保存し、プロジェクトを一旦閉じる。
　５．入力プラグイン優先度の設定で、L-SMASH Worksを一番上にする。
　６．あらためてproj110.aupを読み込み（avsはL-SMASH読みになる）、AVI出力でx264vfwを選んでバッチ登録。
　７．バッチ出力を実行。出力中に「その他→ファイル制御」を選んでみたが何も問題なく普通に一時停止する。

これまでの説明だと、そちらの状況がいまいち不明確なので、原因を絞り込むためにも、
　・実行バイナリだけを置き換えるのではなく、1.10の初期状態から最小限の追加だけした環境を作って試してみる。
　・プラグイン等を追加した場合は、それらのバージョン等も書く。
　・使ってるL-SMASH Worksがどこのどのビルドなのかを書く。
　・avsの内容（とりあえず最終的なカラーフォーマット(YV12とかYUY2とか)だけでも）を書く
　・使ってるAvisynthがどこのどのビルドなのかを書く
　・そちらで行っている手順を上のような感じで明確に書く
　・出力中に「その他→ファイルの制御」じゃなく、「バージョン情報」とかで一時停止をしても問題が起きるのかを書く
といったことを試して書いてもらえるとありがたいかな。

>>187とは別の問題だとすると、このまま放置すると潜在バグとして残ってしまうかもだし。