userContent.cssに
@-moz-document url-prefix(about:) {
.search-wrapper .logo-and-wordmark .logo {
background-image: url("fileスキームでフルパス名") !important;
}
}
または
インストール先のbrowserフォルダ内にある方のomni.ja内のchrome\browser\content\branding\icon128.pngを差し替える