29.97と29を素人目に見て「カクついてる」とは気付かないと思うけどなぁ
とりあえず新規プロジェクト作成の時に「読み込むファイルに合わせる」にチェック入れとけば適切なフレームレートになるはず
インターレース解除は奇数偶数だったり、あと拡張編集じゃなくて本体の機能もあるから試して比べてみたら良いかも

最終的には動画を見てみないと分かんないけど、適切に設定すれば「ユーティルでエンコードした方が劣化する」ということはないはず