アンリミがUSB経由のダウンロードできなくなったのは最近だからそれよりも前にダウンロードしておいたものという意味だろう
とは思うけど
アンリミでないもので試したところKindle Eインク端末用に落ちて来るのはazw3

自分はCalibreはポータブル版を使っているから知らないけど普通はWindowsの機能でプログラムのアンインストールができるだろう