まとめてみた

1.C:\Program Files (x86)\Janetter2\Theme\Common/template/tweet.tplを書き換え

30行目
旧：<a action="all"><img src="{$profile_image_url}"></a>
新：<a action="all"><img src="{$profile_image_url_https}"></a>

2.C:\Program Files (x86)\Janetter2\Theme\Common\js\plugins\Log
　の中のファイルを削除、念の為自分は7-ZIPでPACKしてから削除した

3.C:\Program Files (x86)\Janetter2\Theme\Common\js\plugins\timeline
　の中のファイルを削除、念の為自分は7-ZIPでPACKしてから削除した

そして起動、それまで数分おきに非表示アイコンが出ていたが、3時間経っても今の所問題ない