>やっぱり毎回全てのウインドウを閉じてからじゃないとHDDにエラーを増やして寿命を縮めているのかもしれないですね。


そうとは限らないです
ハードディスクならば代替処理済みのセクタ数が表示されますが、こちらはファーウェア側で判断して予備領域と物理的に代替したセクタです
一方、保留済みのセクタとはファームウェアがバカな場合にはまた別ですが、
書き込み途中やメモリに障害があってWrite時にベリファイでエラーとなったものなどです
フォーマット後には多分0となるはずですが、問題がないようならばそのまま使っていても大丈夫です

>CrystalDiskInfoで確認したところ、代替処理済のセクタ数のしきい値が10に対して生の値が328、

流石にこんな状態だと使わない方がいいと思いますw
あしからず