少し前からL-SMASH Works Muxerを使って出力すると、切りたい箇所の少し前の部分も(音無しで)入ってしまうのですが、対処法はありますか？

普通に使えてた時期はありました。
設定ミスを疑い、L-SMASH Worksの再インストールもしました。