ffmpegのバージョンが古いままなので、JCBAの細かな仕様変更に対応出来てなかったようだ
Radikool同梱のffmpegで直接録音すると10秒で録音終了してしまうが、最新版ならばこの不具合は起こらないっぽい

https://ffmpeg.zeranoe.com/builds/
公式から最新のffmpeg落としてきて、libsの中のffmpeg.exeを差し替えればOK
4.2.1（安定版）の32ビット版が無難かな