個人的にそのような経験もないし
ここを見てる限りではそのような事例は見つかりませんが

まずは各種設定の再確認とRadikoo録音時のログくらいは確認してみませんか?
本当に対処法が知りたいなら
OSや以前使えていたRadikoolのバージョンとか設定内容とか
その辺の詳細を書いたりしないと同じ事例かどうかも判断出来ないんじゃないかな