> ファイヤーフォックス1が起動している場合、ファイヤーフォックス2を起動した場合ファイヤーフォックス1だと認識されてしまいます
なのであれば、

FirefoxPortable1\FirefoxPortable.ini に AllowMultipleInstances=true が設定されているが
FirefoxPortable2\FirefoxPortable.ini は正しく設定されていない
（打ち間違えとか、行頭に#入れてるとか、ファイル名が違うとか・・・）
という状況でしょ