未だに何やりたいのかがハッキリと分からないけど、
ファイルをダブルクリック(またはエンターキー押下)した"後"に開くアプリをいくつかの選択肢から選びたい、ってこと？
ならMGL側じゃなく実行するスクリプト側でGetKeyStateして何ボタンが押されてるか取得すればいいのでは？

管理者権限とか一般権限とかの話はよく分からんので適当