>>664
記述は問題ない

考えられる問題は
実行中にマウスを動かしている
対象がマウス座標を拾っている

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Run, mspaint,, Max ; ペイント起動

F1::
Random, X, 100, 200
Random, Y, 300, 400
ControlClick, x%X% y%Y%, ahk_exe mspaint.exe,, L,, Pos
return

F2::
Random, X, 300, 400
Random, Y, 300, 400
MouseClick, L, %X%, %Y%
return