1プロセスで複数ウィンドウこさえるSDIのアプリなんかだと どの窓も同列でメインウィンドウってのが無かったり
タスクトレイに常駐するタイプのアプリはメインウィンドウが破棄されてもアプリそのものは終了してなかったり

まあ厳密にいうと複数プロセスで動いてるアプリもあるし
トップレベルのプロセス監視でも終了確認できないウィルス的な挙動のアプリもあるし
とあるアプリが特定不可な以上具体的な挙動はわからんですが